Program Pendidikan Profesi Dokter merupakan program pendidikan yang dilaksanakan setelah mahasiswa menyelesaikan pendidikan sarjana kedokteran dari kurikulum pendidikan dokter. Proses pembelajaran pada tahap ini adalah proses pembelajaran dalam bentuk praktek klinik yang berbasis kompetensi di bidang kesehatan yang meliputi promotif, preventif, kuratif dan rehabilitatif di bawah bimbingan staf pengajar di  Rumah Sakit Pendidikan Utama, Rumah Sakit Afiliasi dan Rumah Sakit Satelit atau Jejaring.

Pendidikan Profesi Dokter melatih mahasiswa untuk kontak langsung dengan pasien dibawah bimbingan dosen pendidik klinis, untuk mempraktekan pengetahuan, keterampilan maupun sikap / perilaku yang pernah dipelajari pada tahap akademik, secara terintegrasi yang merupakan syarat mutlak bagi sarjana kedokteran menjadi seorang dokter.

Proses pembelajaran bagi mahasiswa pada tahap profesi dokter berbasis kompetensi sesuai yang tercantum di Standar Kompetensi Dokter Indonesia yang ditetapkan oleh KKI. Proses ini bertujuan untuk memberikan kesempatan pada mahasiswa untuk memahami lebih jauh konsep dan pengetahuan ilmu biomedik, melatih keterampilan klinik dan prosedur klinik serta melatih 7 (tujuh) area kompetensi dokter.

Penyelenggaraan proses pendidikan tahap profesi dokter Fakultas Kedokteran Universitas Halu Oleo (FK UHO) dilaksanakan di Rumah Sakit Pendidikan Utama yaitu RSU Bahteramas beberapa RS satelit / jejaring pendidikan, dan di puskesmas.

Sistem  rotasi atau pemilihan waktu untuk stase diatur oleh mahasiswa yang bersangkutan dengan memilih bagian secara mandiri terlebih dahulu dan selanjutnya pada saat bertugas stase di bagian tersebut berakhir, maka mahasiswa kembali memilih untuk bagian selanjutnya. Pemilihan stase dimulai untuk tingkat I yang terdiri dari 6 bagian yaitu Interna, Jiwa, Neurologi, Anak, Kulit Kelamin, dan Radiologi dan selanjutnya ke tingkat II yang terdiri dari 7 bagian yaitu Bedah, THT, Anastesi, Obsgyn, Mata, Forensik dan IKK.